根据上述职责，市环境保护局设8个职能科室。

（一）办公室。组织协调机关日常工作；负责机关文电、会务、机要、保密、文书档案、政务信息、督查督办、综合性文稿起草、机关后勤服务等工作；组织综合性调研及专题调研；负责局机关和所属单位的安全生产监管和维护稳定工作。

（二）规划财务科。负责环境保护规划工作组织协调；提出环境保护领域固定资产投资规模、方向和市级资金安排的意见；管理环境保护专项资金；负责局机关、派出机构及所属事业单位财务、国有资产管理和内部审计；负责生态环保产业投入工作；负责排污费的管理使用。

（三）法规宣教科。起草全市环境保护规范性文件并组织实施；组织环保法律、法规宣传教育工作；组织开展环境保护宣传教育工作；承担环保行政处罚、行政复议和应诉工作；组织开展环保行政执法监督与检查；负责办理人大代表建议、政协委员提案工作；负责新闻发布工作。

（四）组织人事科。负责局机关、派出机构和直属单位的机构编制、人事管理等工作；承办协管县市和市属各开发区环境保护部门领导干部的具体工作；负责离退休人员的管理服务工作；承担局机关和直属事业单位的党群工作和计划生育工作。

（五）科技标准科（挂国际合作科、核与辐射安全管理科牌子）。承担环境保护科技工作；贯彻执行国家和省环境保护行业标准；组织协调环境保护科学研究与技术引进；管理环境保护科研项目和科技成果；指导推动环保产业发展和清洁生产；负责开展环境保护国际合作与交流、履行国际环境公约等外事工作；承担核与辐射环境、放射性废物安全管理工作；参与核与辐射环境事故应急工作；监管电磁辐射、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作；统一监管放射源的使用、销售、运输、贮存和废弃处置安全工作；负责辐射废物监管工作。

（六）污染防治科。拟订并组织实施大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品污染防治规划；组织实施危险废物转移管理、申报登记、核定部分危险废物经营许可、排污许可证等制度；组织实施大气污染源限期治理和达标排放;组织实施强制性清洁生产审核工作。

（七）生态保护与环境影响评价科。拟订自然生态保护规范性文件和措施；组织实施国家和省自然生态保护政策、法规和规章；监督检查市级各类自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护管理工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治等工作；管理生物技术环境安全；指导全市生态示范创建工作；负责国家环保模范城市创建、复核、城市环境综合整治定量考核工作；指导调查处理重大生态破坏事件；指导农村生态环境保护；负责区域生态补偿工作；按国家和省的规定审核、审批区域开发、发展规划以及建设项目环境影响评价文件；依法加强“三同时”监管；贯彻执行环境影响评价和“三同时”制度的各项环境管理制度、政策、法规和规章。

（八）环境安全应急管理科。拟订并组织实施水、重金属污染防治规划；组织实施水污染源限期治理和达标排放；承担环境安全应急日常管理工作；负责组织编制、修订环境安全应急预案并组织应急演练；负责环境应急信息通报，组织开展应急预警工作；牵头协调重大环境污染事故调查处理；指导、协调各县市区较大环境污染事件的应急工作；负责应急处理处置设施建设和运行的监督；负责建立健全环境风险源动态档案管理工作。